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Phomopsis sclerotioides causa manchas de color negro grisáceo con una línea de demarcación negra en raíces de pepino. Las lesiones son algo deprimidas y se forman, sobre todo, alrededor del punto de sujeción de las raíces secundarias y de los pelos radiculares. Las lesiones pueden crecer y rodear la raíz. Las raíces adquieren un color de marrón amarillento a negro y terminan muriendo. Las lesiones negras con cuerpos fructíferos suelen ocurrir a temperaturas de unos 20 °C, mientras que a 10 °C las lesiones son de color marrón claro. Las lesiones pueden quedar limitadas por seudoestromas: tejido de color oscuro con aspecto de rayas negras.

La enfermedad suele limitarse a unas pocas raíces, pero en casos graves, todas las raíces pueden estar infectadas. En la última fase de la enfermedad, solo queda tejido vascular porque el córtex (capa externa) se ha podrido. En las fases tempranas del cultivo la infección provoca un crecimiento irregular y hojas más pequeñas de un color verde más intenso. En esta fase, una infección grave puede provocar la muerte de las plantas. En caso de una infección meno severa, la planta rastrera se puede marchitar en un momento posterior del cultivo, pero si al inicio de la temporada el suministro de agua ha sido, de algún modo, limitado durante periodos de gran evaporación, el marchitamiento puede ocurrir antes. En las plantas marchitas, la corona tiene primero un aspecto acuoso, adquiere un color marrón claro y deprimido y más adelante negro con exudaciones de esporas de color ámbar. En las primeras fases del marchitamiento cuesta diferenciar este marchitamiento de otros.

El hongo puede causar podredumbre negra en los frutos.